Les recherches en philosophie d’Emmanuel Fournier relèvent d’une interrogation sur les conditions formelles et matérielles de la pensée (grammaticales, cérébrales, morales…) et sur les moyens de surmonter ces conditions ou de les retourner à notre avantage. Elles portent en premier lieu sur la place du langage dans le questionnement philosophique et dans nos manières de vivre et de penser. L’attention donnée aux formes conduit à expérimenter diverses façons de faire, afin d’explorer les possibilités de chacune, mais aussi les vertus libératoires de leurs rapprochements.
Ces travaux de « philosophie expérimentale » répondent, au fond, au souci de ne pas laisser les mots parler à notre place. Ils sont à l’origine des essais de philosophie infinitive, et en contrepoint, de philosophie nominale.
Menés en dehors du champ universitaire, ils constituent un fondement des recherches menées sur le cerveau, sur la place des techniques en philosophie de la médecine, et d’autre part en éthique médicale.